依托华中科技大学，能源动力装置节能减排教育部工程研究中心实行工程研究中心主任负责制的运行模式。

工程中心主任、副主任：设主任1名，副主任3名。工程中心主任由依托单位推荐，经主管部门批准后聘任；副主任由工程中心主任推荐，依托单位聘任。工程中心主任全面负责工程中心的运行管理，制定工程中心的规章制度、发展计划，组织遴选下属各部门主任，编制年度财务预算和决算方案，组织实施工程中心年度运行计划和研究项目；工程中心副主任协助主任完成各项具体的管理和技术工作。

技术委员会：聘请节能减排领域国内著名专家、学者组成，是工程中心的技术咨询机构，技术委员会每年至少举行一次会议，其职责是负责审议工程中心的发展战略、研究开发计划，评价工程设计与试验方案，提供技术经济咨询和市场信息，审议工程中心年度工作等。